Intr-un context complet separat de filmele "Madagascar", seria urmeaza aventurile a patru pinguini, Skipper (seful grupului), Kowalski (cel destept), Private (cel mai tanar) si Rico (cel mai nebunatic), in Gradina Zoologica din New York. Pinguinii sunt sefii habitatului lor din Central Park, intreprinzand misiuni secrete in inima orasului. Uneori, misiunile lor ii imping sa iasa din gradina zoologica. Chiar atunci cand echipa crede ca are situatia sub control, un nou vecin isi face aparitia: Julien, Regele Lemurienilor. Acum pinguinii trebuie sa se lupte pentru a-si pastra suprematia in pofida renghiurilor jucate de lemurian.